我在debian下，通过apt-get install php5 安装的 php5是 php5-5.2.0-8+etch1 这个特殊的版本号，而不是标准的 php5-5.2.0 这样的版本号码。在安装eAccelerator的时候遇到的问题，搜索很多资料都没有寻找到合适的解决方法。在自己常识修改php的源代码后，得到了解决。
apt-get source php5 来获得php5的源代码，通过 ./configure 的方法来配置php5，准备编译。
配置完成后，修改 php的src所在目录下的 main/php_version.h 修改
longson@debian:~/vhosts/www$ cat /usr/src/php5-5.2.0/main/php_version.h
/* automatically generated by configure */
/* edit configure.in to change version number */
#define PHP_MAJOR_VERSION 5
#define PHP_MINOR_VERSION 2
#define PHP_RELEASE_VERSION 0
#define PHP_EXTRA_VERSION "-8+etch1"
#define PHP_VERSION "5.2.0-8+etch1"
#define PHP_VERSION_ID 50200
斜体部分为增加的内容，这样通过 make && make install
来编译出来的 php 就是我需要的版本。
然后通过 在 eAccelerator 目录下
phpize
./configure --with-eaccelerator-userid=www-data 来配置 eAccelerator
然后 make && make install
然后通过配置 php的 php.ini 就可以使用 eAccelerator 了。
当然，这个仅限于对 次版本号或后缀版本号的不同而无法正确安装eAccelerator的情况。
如果有其他的需要，自己酌情处理了。
关键字
linux debian apt-get install php5 php5-eaccelerator 版本号不同 无法安装 eaccelerator